历史上的“部费”主要是落入书吏的腰包，而这又与特殊的历史情况有关。书吏只是一些普通办事人员，他们的工作是抄抄写写，类似于办公室里最底层的文员，他们的上面有许多人——司官、员外郎、郎中、侍郎、尚书管着他们。问题是，这些人很少懂财务方面的专业知识，更不愿把时间、精力花在那些枯燥乏味的账目上，所以他们就把审计的职责推给了书吏。书吏说行，他们就在同意报销的审核报告上签字；书吏说不行，他们就在批驳的意见单上签字。

　　户部书吏因为有了这种权力，导致不交“部费”就报销不了，几乎想报销的人都会遇到这种麻烦，解决问题的方法也是找关系、通门路、托人去“打点”。

　　李鸿章托的人是王文韶(1830~1908)，王当时是湖北的一个道台，以前在户部任过职，有部里的人脉。王让人去找书吏，探探他们的口风，反馈回来的消息说，书吏的胃口很大，要求给一厘三毫的回扣。所谓“厘”，就是报销一百两给一两。一厘三毫，就是报销一百两给一两三钱。当时湘军、淮军要报销的军费是三千多万两银子，按一厘三毫算“部费”需要四十万两。

　　曾国藩托的人是李宗羲(1818~1884)，李当时是江宁(南京)布政使，相当于江苏省长。李自己与户部的人不熟，他是托了一个叫许缘仲的人出面和户部书吏接洽的，讨价还价的结果是给八万两，显然书吏已经算是给了很大的优惠政策。

　　曾国藩对给“部费”很不满意，即便只给八万两，筹措也需要伤脑筋，因为这笔钱是不能通过正式的财政制度得到的。于是，曾国藩向皇上递交了一份报告，请求军费报销免于审计。皇上出于对他们平定太平天国、捻军的卓越功勋，同意了他们的要求，曾国藩对此感激涕零，在给儿子曾纪泽的信中说他对此“感激切骨，较之得高爵穹官，其感百倍过之”。不过，曾国藩也表示，以前已经和户部书吏说好要给的八万两银子“部费”还是照给，但书吏们不能再多要了。

　　书吏索取“部费”，不给办不成事，而在正式的财政制度里又没有这项收支，那么“部费”又从哪里来呢？“部费”一般是省级衙门向下属摊派，层层落实，最后落到州县官员头上，州县官员自然不会自己掏钱，要在征收钱粮时通过加收“火耗”等形式筹集，这成了州县官员在征税时收取税外之费的一个原因。

　　乱摊派势必引起老百姓不满，影响社会安定，对于皇上的江山来说有不利影响，所以清代历朝皇帝都想取缔这种于吏治民生有百害而无一利的做法，其中以雍正最认真，所采用的方法也最符合现代财政制度。雍正的办法是专门成立一个类似于现在的国家审计署这样的机构，取名为“会考府”(“会”大概是会计的意思，“考”类似审计，“府”是衙署，所以会考府相当于审计署)，规格很高，直接对皇帝负责，不受任何外在干扰。但是，这种做法能否彻底解决“部费”的问题呢？答案是无果的。

　　既然“部费”无法革除，而其享用者又主要是书吏，这就形成了在京城吏比官富的特殊现象。

　　官穷吏富，清人陈恒庆的《谏书稀庵笔记》所记载的一个故事很能说明这个问题。故事说，北京有个叫红玉的歌妓，名噪一时，工部的官员常常到这个歌妓家里聚会。后来，这个歌妓却被工部书吏王维寅花二千两银子买去做妾，这让工部的一班官员大失所望。他们跑来和作者商量说：“王维寅是我们的手下，现在夺走了我们喜爱的东西，实在可恨。你有没有办法让我们和红玉见一面？”作者说：“我给你们讲个故事吧。有个人夜里做了一个梦，梦到司马相如来拜访，第二天得到一方刻有‘司马相如’的汉代印石，这个人珍惜秘藏，从不拿出来给人看。他的一个上司向他要印看，这个人就对上司说：‘我生平有两样东西是不能和人共享的，一是老婆，一是这块印。’如果王书吏用这样的话来回答我，那该怎么办？所以啊，你们只能单相思了。”

　　书吏们到底有多少钱？晚清学者冯桂芬说自己曾经做过估计，吏部四个司的书吏每年大概能得到三百万两银子的好处费，加上兵部、户部、工部，四部书吏每年所得应该不少于一千万两银子。外省衙门人数更多，贪污得也多，当然更不止一千万。从银子的来源看，其中十分之三来自国家财政，十分之七是民脂民膏。(《校邠庐抗议·易吏胥议》)

　　按照冯桂芬的估计，在他生活的道光、咸丰年代，全国的书吏每年得到的灰色收入超过了两千万两银子，而当时全国的财政收入不过是四千多万两，这意味着，书吏灰色收入的总额高达国家财政的一半。

　　尽管清代历朝皇帝下了很多禁革“部费”的圣旨，但禁革“部费”的努力是无效的。帝国行政需要书吏，书吏们既没有多少法定福利，也没有升迁方面的制度激励，所以他们唯一的目的就是通过办事程序捞钱，所以“部费”并不是想禁就能禁的。